自軍の行動の善悪が決め手となる。 新システム「アライメントシステム」の導入によって、前作の良さを残しつつ、 新たな面白さが追加されます。 人類を救う「英雄」になるか、「独裁者」になるか？ その判断はプレイヤーの手にゆだねられ、自由にゲームを進めることができます。 アライメントシステムによる軍属性の変化によって、ゲーム展開が大きく変化します。 アニメとは異なる勢力との同盟、意外なキャラクターが配下になるなど、 プレイヤーごとに異なるガンダム史を刻むことができます。
